O OTEP foi criado no âmbito dos trabalhos da Cimeira Ibérica, em Janeiro de 2001, tendo em atenção a necessidade de melhorar políticas concertadas entre os dois governos em matéria de planeamento de infra-estruturas de transportes nas ligações entre os dois países e, entre estes e o resto do Continente Europeu.

O seu principal objectivo visa pois a criação de um sistema de monitorização e acompanhamento regular do sistema de transportes e tráfegos que atravessam as fronteiras entre os dois países.

O acordo de operacionalização de um Observatório entre os Ministérios dos dois países responsáveis pela área dos transportes (Ministério das Obras Públicas, Transportes e Comunicações, em Portugal e Ministério do Fomento, em Espanha) implicou o desenvolvimento de um quadro comum de análise de dados, a partir do qual é possível dispor de informação de suporte a um melhor conhecimento do mercado, ao estudo e à decisão de investimento nas infra-estruturas dos diferentes modos de transporte, bem como à melhoria das condições de exploração dos serviços. Assim, por cooperação entre as partes, estão a ser construídas bases de dados comuns sobre passageiros e mercadorias transportadas, por forma a harmonizar a informação existente (ou a recolher).

O Gabinete de Planeamento Estratégico e Relações Internacionais do MOPTC, pela parte portuguesa, e a Secretaria de Estado de Transportes do Ministério do Fomento, pela parte espanhola, foram as entidades designadas para coordenar os trabalhos do OTEP.